依据《国务院关于预防煤矿生产安全事故的特别规定》， 对（）2次或者2次以上发现有重大安全生产隐患，仍然进行生产的煤矿，有关部门应当提请有关地方人民政府关闭该煤矿。

《国务院关于预防煤矿生产安全事故的特别规定》不仅界定了非法煤矿，而且还明确了应予关闭的非法煤矿的4种情形：（1）无证照或者证照不全擅自生产的。（2） 在3个月内2次或者2次以上发现有大安全生产隐患的。（3） 停产整顿期间擅自从事生产的。（4） 经整顿验收不合格的。故选D。