根据《标准设计施工总承包招标文件》承包人对监理人员发出的指示有疑问而提出书面异议时，总监理工程师应在()小时内对该指示予以确认、更改或撤销。

根据《标准设计施工总承包招标文件》的规定，承包人对监理人员发出的指示有疑问时，可以在该指示发出的48小时内向总监理工程师提出书面异议。总监理工程师应在收到承包人的书面异议后的48小时内对该指示予以确认、更改或撤销。