某建设工程项目中标人与招标人签订合同并备案的同时，双方针对结算条款签订了与备案合同完全不同的补充协议。后双方因计价问题发生纠纷，遂诉至法院。法院此时应该( )作为结算工程款的依据。

根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二十一条，当事人就同一建设工程另行订立的建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质性内容不一致的，应当以备案的中标合同作为结算工程价款的根据。