某建设工程进行招标，某甲投标文件中报价1000万，评标价950万，双方签订合同时合同价为980万，但向建设行政主管部门仍以1000万进行备案。双方进行结算工程款时发生争议，人民法院在处理该案件时，应以（）为根据。

本题考查的是招标人违法行为应承担的法律责任。当事人就同一建设工程另行订立的建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质性内容不一致的，应当以备案的中标合同作为结算工程价款的根据。因为招标人与中标人另行签订合同的行为属违法行为，所签订的合同是无效合同。