质量监督机构对堤防加固工程进行质量监督的方式应以()为主。

根据《水利工程质量监督规定》,水利工程建设项目质量监督方式以抽查为主。大型水利工程应设置项目站,中小型水利工程可根据需要建立质量监督项目站(组),或进行巡回监督。