同时经营药品、保健食品和化妆品的企业，其处理措施不符合药事管理规定的是

考查药品经营质量管理规范的零售主要内容、药品零售企业开办条件与许可。其一，根据GSP,药店经营非药品需设置专区，并且与药品区域明显隔离，并有醒目标志，选项A和B符合规定。其二，根据药品零售企业设置标准，在超市等其他场所内设立零售药店的，应当具有独立经营区域，选项C符合规定。其三，只要是药店，肯定具有《药品经营许可证》,选项D的情况不可能发生。故答案为D。