根据《中药品种保护条例》，可以申请二级中药品种保护的是（ ）

解析：考查《中药品种保护条例》的适用范围、中药保护品种的等级划分。其一，根据适用范围，中药品种保护适用于中国境内制造的中药品种，排除B和C。其二，根据专利药品按专利法管理，排除D。或者根据二级保护界定“从天然药物中提取的有效物质及特殊制剂”，可以确定答案为A。