药品生产企业营业执照依法被吊销或者注销的，应当进行的行政许可程序是

本题考查药品生产许可证的注销。

（1）主动申请注销药品生产许可证的；

（2）药品生产许可证有效期届满未重新发证的；

（3）营业执照依法被吊销或者注销的；

（4）药品生产许可证依法被吊销或者撤销的。

故选D。