工程建设程序分为投资决策、建设实施和竣工验收阶段，在投资决策阶段，对于采用投资补助、贷款贴息等方式的政府投资项目，正确的做法是（ ）。

本题考查工程建设投资决策阶段的决策方法。政府采取直接投资、资本金注入方式投资的项目，政府部门需要严格审批项目建议书、可行性研究报告、初步设计和概算；故 A 选项错误。对于采用投资补助、贷款贴息等方式的政府投资项目，政府部门只审批资金申请报告。故 D 选项正确。非政府投资建设的项目，实行核准制或备案制。其中,政府仅对重大项目和限制类项目从维护社会公共利益角度进行核准。故 B、C 选项错误。此题正确答案为 D。