发生下列情形时，投标保证金将会被没收的有（）。

本题考查投标保证金没收情形。

选项A正确，投标人在投标有效期内撤回投标，保证金予以没收。

选项B正确，中标人未在规定期限签订合同，保证金予以没收。

选项C正确，中标人未能提交履约保证金，保证金予以没收。

选项D正确，投标人以不正当手段骗取中标，保证金予以没收。

选项E错误，投标人主动澄清投标疑问属于正常招投标行为，不会没收保证金。

故选ABCD。