下列药品管理事项进行备案管理的有（ ）

解析：考查药品监督管理行政许可事项、中药材生产质量管理规范的基本要求、药品监督管理部门、医疗器械经营分类管理。选项A由国家药品监督管理局进行备案管理；选项B取消了认证，进行备案管理；选项C由省级药品监督管理部门进行备案管理；选项D由设区的市级药品监督管理部门进行备案管理。故答案为ABCD。